Nachdem ich Google durchsucht und mit der Konfiguration herumgespielt hatte, war die Lösung am Ende viel einfacher:
- Drücken Sie in MagicaVoxel die Tabulatortaste, um in den Weltmodus zu wechseln.
- Drücken Sie Verschieben > Boden, um das Modell auf den Boden zu bewegen.
- Speichern und exportieren, und alles ist wieder aufgereiht :)